• Denizcilik Faaliyetlerinin Çevresel Yönetimi Şube Müdürlüğü
• Risk Yönetimi ve Acil Müdahale Şube Müdürlüğü
• Deniz Çevresi Yönetimi Şube Müdürlüğü
• Deniz ve Kıyı Suları Kalitesi Şube Müdürlüğü

      Görevleri

1. Deniz ve kıyı sularının kullanımı, korunması, kirliliğinin önlenmesi veya bertaraf edilmesi amacıyla; hedef, ilke ve politikalar belirlemek, kirliliğin giderilmesi ve kontrolüne ilişkin eylem planları hazırlamak, usul ve esasları tespit etmek, uygulanmasını sağlamak,
2. Deniz ve kıyı suları ile çevresinin kirliliğinin önlenmesi ve korunmasına ilişkin olarak ulusal ve uluslararası gelişmeleri izlemek, yapılan müzakereleri yürütmek değerlendirmek, konuyla ilgili politika ve strateji belirlemeye ve uygulamaya yönelik çalışmaları yapmak ve yaptırmak, ilgili uluslararası kuruluşlar nezdinde ulusal odak noktası görevlerini yerine getirmek,
3. Deniz sularının korunarak kullanılmasının sağlanması, deniz kirliliğinin bütünleşik ve ekosistem odaklı bir yaklaşımla önlenmesi ve deniz iyi çevre durumunun tesisi maksadıyla, kirletici unsurlar ile kirliliğin giderilmesi ve kontrolüne ilişkin usul, esas ve tedbirleri tespit etmek ve uygulamayı sağlamak,
4. Türkiye’nin deniz yetki alanlarında bulunan gemilerin neden olduğu deniz kirliliğinin önlenmesine ilişkin hedef, ilke ve politikaları belirlemek, kirliliğin giderilmesi ve kontrolüne ilişkin usul ve esasları tespit etmek, uygulamaya yönelik çalışmalarda bulunmak, karar destek sitemini oluşturmak, eylem planları hazırlamak, hazırlatmak,
5. Deniz çevresi ulusal ve bölgesel çevresel yönetim stratejisini ve bu kapsamda eylem planlarını hazırlamak, hazırlatmak,
6. Deniz ve kıyı sularının ekolojik yapılarını da dikkate alarak koruma-kullanma ilkeleri doğrultusunda sürdürülebilirliğini sağlamak için kalite sınıflandırmasını yapmak, bu alanlara yapılan baskıları belirlemek, belirlenen çevresel kalite hedeflerine ulaşmada önlemler programı oluşturmak, teknolojiler geliştirmek, risk haritalarını çıkartmak, uygulanmasını sağlamak, bu alanlara yapılan deşarjları kontrol altına almak için usul ve esasları belirlemek, izleme politika ve stratejisini oluşturmak,
7. Nehir havzası yönetim planları içerisinde kıyı sularının yönetimine, kirliliğinin önlenmesine ilişkin politika, strateji belirlemek, usul ve esasları ortaya koymak,
8. Deniz çevresinin petrol ve diğer zararlı maddeler ile kirlenmesinde acil durumlarda müdahale ve zararların tazminine ilişkin usul ve esasları belirlemek, hazırlıklı olmak, müdahale ve mücadele kapasitesini artırmak için gerekli tedbirleri almak, aldırmak; bu çerçevede acil müdahale planları, restorasyon ve rehabilitasyon planları ile kaza sonucu oluşan atıkların yönetim planlarını yapmak, yaptırmak,
9. Kıyı ve deniz sularında yapılacak olan dip tarama faaliyetleri ile bu tarama faaliyetleri sonucunda oluşacak tarama malzemelerinin deniz ortamına boşaltılmasıyla ilgili usul ve esasları belirlemek, gerekli çalışmaları yapmak, 
10. Kültür balıkçılığı, petrol arama ve batık gemilerin çıkarılması başta olmak üzere, deniz ve kıyı sularında kirlilik riski oluşturabilecek faaliyetlerin çevresel yönetimine ilişkin usul ve esasları belirlemek, bu tür faaliyetlerin deniz çevresine etkilerini ortaya koymak, risk analizi yapmak- yaptırmak, riskli bölgeleri belirlemek, gerekli çalışmaları yapmak,
11. Yüzme ve rekreasyon amacıyla kullanılan suların korunması ve kirliliğinin önlenmesini sağlamak,
12. Deniz ve kıyı sularına yapılacak atıksu deşarjlarının standartlarını, denize deşarj ve derin deniz deşarj tasarım esaslarını ve kriterlerini belirlemek, onay işlemlerini yürütmek,
13. Deniz çöpleri için stratejik eylem planları hazırlamak/hazırlatmak, usul ve esasları belirlemek, uygulamak, uygulatmak,
14. Deniz ve kıyı sularının korunması ve iyileştirilmesine yönelik olarak araştırmalar ve projeler yapmak, yaptırmak,
15. Genel Müdür tarafından verilen görevleri yapmak.